Projektowanie Prądzyński przybył do Augustowa 15 czerwca 1823. Jego pierwszym zadaniem był objazd terenów od Biebrzy do Niemna, ustawienie odpowiednich znaków sygnałowych i wyrąbanie drzew na trasie przyszłego kanału. Musiał też przeprowadzić odpowiednie pomiary, przy czym skorzystał z wyników prac pruskich geodetów pod przewodnictwem Schülera, którzy w latach 1799–1800 prowadzili pomiary nad Biebrzą i Nettą, w celu osuszenia bagien w pobliżu tych rzek. Prądzyński napotykał wiele problemów, jednym z najpoważniejszych była dzikość krainy, którą pokrywały gęste lasy, bagna i błota, przez co budowniczym trudno było się przemieszczać. Brakowało też wykwalifikowanych ludzi, tylko kpt. Jerzy Arnold był dostatecznie doświadczony. Mimo tych problemów, miesiąc po przybyciu do Augustowa Prądzyński już wysłał gen. Haukemu wstępny szkic kanału. Dowództwo ponaglało go, by do końca roku skończył prace nad pomiarami i wytyczaniem trasy. Rozpoczęły się jednak ulewne deszcze, przez które tereny podmokłe stały się niedostępne dla inżynierów. W listopadzie 1823 r. ekipa Prądzyńskiego powróciła do Warszawy z powodu coraz krótszych dni i złej pogody. W Augustowie pozostał Jerzy Rakusa, któremu Prądzyński pozostawił instrukcję określającą jakie prace i w jakim terminie powinny być wykonane.