W następnych dekadach Akademia stała się miejscem spotkań i studiów nad tradycją platońską. Po śmierci Ficina w 1499 r., przywództwo w Akademii objął jego uczeń Francesco Zanoli Cattani da Diacceto. Niewiele wiadomo na temat tego okresu i prawdopodobnie Akademia znacznie ograniczyła swoją działalność, jedynie do spotkań prywatnych.
W 1522 r. wielu członków Akademii zaangażowało się w spisek mający doprowadzić do śmierci kardynała i arcybiskupa florenckiego Giulio de’ Medici (późniejszego papieża Klemensa VII). Uznaje się to za koniec Akademii.
Działalność thumb|250px|Marsilio Ficino, Cristoforo Landino, Angelo Poliziano i Demetrios Chalkondyles. Trzech pierwszych było członkami Akademii. Detal ze Zwiastowania Zachariaszowi Domenico Ghirlandaio (1486–1490)|alt= Akademia Florencka starała się odnawiać ducha Akademii Platońskiej. Zarówno działalność, jak i przynależność do niej nie były sformalizowane. Było to raczej miejsce spotkań i dyskusji intelektualnych, zorganizowane wokół Ficina i jego uczniów.