2 października 1940 roku hitlerowcy zorganizowali we wsi getto, do którego spędzono okoliczną ludność żydowską. We wrześniu 1942 roku uwięzionych ludzi wywieziono do obozów zagłady, a tym samym getto uległo likwidacji. Po wyzwoleniu terenu gminy w II połowie 1944 przeprowadzono parcelację majątków Sobienie Szlacheckie i Siedzów. Po 1945 r. wieś nabrała charakteru małego miasteczka, które pełni funkcję ośrodka handlowego oraz obsługi okolicznego rolnictwa. Jest to również lokalny węzeł komunikacyjny, komunikacja autobusowa łączy Sobienie Jeziory z Warszawą (przez Otwock), Osieckiem, Garwolinem i Maciejowicami. W latach 60. XX wieku wybudowano obwodnicęMazowiecki Park Krajobrazowy, W. Sobociński, A. Atłowska, Wyd. Compass, Kraków 2006, .Historia Gminy Sobienie Jeziory..
W latach 1954–1972 wieś była siedzibą władz gromady Sobienie-Jeziory. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa siedleckiego.