We wrześniu 1939 r. prof. Karol Estreicher, chcąc uchronić ołtarz przed zniszczeniem, zdemontował figury i barkami spławił je Wisłą do Sandomierza. Przechowywano je w katedrze i seminarium duchownym. Lokalizacje rzeźb ołtarza ujawnił pod przymusem Niemcom ks. kardynał Adam Stefan Sapieha. Figury początkowo przewieziono do Krakowa, a potem do Berlina. W maju 1940 r. ołtarz znajdował się na wystawie dzieł Wita Stwosza w Zgorzelcu. Szafę ołtarzową po demontażu (skrzyni i skrzydeł) wywieziono bezpośrednio do Norymbergi. Rzeźby zostały złożone w podziemiach zamku w Norymberdze, a konstrukcja nośna na zamku Wiesenthau. Przechowywany w bardzo dobrych warunkach w specjalnie przygotowanym schronie nosił jednak ślady działania owadów kołatka (być może były to wcześniejsze ślady owadów). Odnalazł go prof. Estreicher z pomocą Amerykanów, dzięki czemu ołtarz do Krakowa powrócił pociągiem w maju 1946. Uchwałą Prezydium Krajowej Rady Narodowej z 4 maja 1946 zostali odznaczeni obywatele innych państw „w uznaniu zasług położonych przy odzyskaniu wywiezionych przez okupanta zabytków artystyczno-kulturalnych, a szczególnie odzyskanie ołtarza Wita Stwosza”..