W XVI stuleciu, obok folwarku pańszczyźnianego, istniała już wieś sołecka na 2 łanach. Zamieszkiwało ją wówczas 8 kmieci, 1 chałupnik i 1 rzemieślnik. Jak podają źródła, był tu także wiatrak i 2 karczmy.
Rok 1627 był tragiczny dla mieszkańców Szelejewa. Trwająca właśnie w Europie wojna trzydziestoletnia dotarła i tutaj. Wieś została wówczas doszczętnie ograbiona przez działające na tych terenach wojska saskie. Dwadzieścia lat później Andrzej Pogorzelski, kasztelan przemęcki, na miejscu drewnianej kaplicy wzniósł kamienny kościółek (akwarela), który istnieje do dziś, stanowiąc najstarszy zabytek Szelejewa.
Z końcem wieku XVIII wieś znalazła się w rękach rodu Radzewskich. W tym też czasie kroniki odnotowały istnienie we dworze młyna. Do ciekawostek zaliczyć można i to, że w roku 1794 w lasach między Szelejewem a Zimnowodą rozłożył się obozem oddział powstańców kościuszkowskich. Przyczyną było zapewne to, iż jego dowódca, Franciszek Garczyński, miał w majątku szelejewskim krewniaków jako posesorów.