Po upadku Republiki Weneckiej w 1797 miasto znalazło się pod kontrolą Monarchii Habsburgów. W 1877 pierwsze połączenie kolejowe w ówczesnej Dalmacji – kraju koronnym Austrii. Po I wojnie światowej było częścią Królestwa Jugosławii, a podczas II wojny światowej znalazło się pod okupacją faszystowskich Włoch oraz Niemiec. Po wojnie stało się częścią Socjalistycznej Federalnej Republiki Jugosławii; od odłączenia się Chorwacji od SFRJ w 1991 znajduje się na jej terytorium.

28 sierpnia 1895 roku uruchomiono w Szybeniku uliczne oświetlenie elektryczne – było to pierwsze miasto na świecie z taką instalacją. Zasilanie pochodziło z elektrowni wodnej zbudowanej przy wsparciu Nikoli Tesli na rzece Krka. Była to druga na świecie elektrownia – pierwszą, zaledwie dwa dni wcześniej, Edison uruchomił na rzece Niagara.

Zabytki Najważniejszym kościołem Szybenika jest Katedra św. Jakuba, znajdująca się na liście światowego dziedzictwa UNESCO. Budowana przez kilku architektów w XV i XVI w., łączy w sobie elementy stylów gotyckiego i renesansowego. W całości jest zbudowana z kamienia, bez używania jakichkolwiek innych materiałów. Na apsydachi znajduje się 71 realistycznym płaskorzeźb.