Natomiast w nazwie naukowej (łacińskiej lub zlatynizowanej) nazwa rodzajowa zawsze zapisywana jest wielką literą, a gatunkowa zawsze małą literą, np.: dżdżownica ziemna (Lumbricus terrestris), słoń afrykański (Loxodonta africana).
Nazwy udomowionych form gatunków dziko żyjących Jednym z problemów nomenklatury zoologicznej jest kwestia nadawania nazw gatunkom udomowionym. Z taksonomicznego punktu widzenia zwierzę po udomowieniu pozostaje nadal tym samym gatunkiem. Od 1758 roku 19 gatunkom udomowionych zwierząt nadano inne nazwy naukowe niż ich dzikim protoplastom. 17 z nich zostało opisanych przed odkryciem ich dzikich przodków, którym, w momencie odkrycia przez naukę, nadano nowe nazwy binominalne. Np. osioł domowy został opisany w 1758 pod nazwą Equus asinus, a uważany za jego przodka osioł afrykański – w 1857 jako Equus africanus. Kiedy w wyniku dalszych badań stwierdzono, że zwierzę udomowione pochodzi od znanego już gatunku dzikiego (czyli jest tym samym gatunkiem, ewentualnie jego podgatunkiem lub formą), pojawił się konflikt nazw.