W 1930 roku w niemieckiej Lubece wskutek modyfikacji schematu użycia szczepionki przez miejscowych lekarzy, doszło do śmierci 73 noworodków, a 135 innych rozwinęło objawy gruźlicy, z której jednak zostały one wyleczone. Wydarzenie to przeszło do historii jako "Tragedia w Lubece". Specjalny raport przygotowany przez komisję powołaną przez niemiecki rząd za całe zajście obwinił szczepionkę i jej twórców. Zarzuty te jednak nie zostały potwierdzone, a sam Calmette wybronił się w zeznaniach przed Międzynarodową Unią ds. Walki z Gruźlicą (dostał nawet owacje na stojąco). Incydent mimo to doprowadził do podkopania autorytetu szczepionki.
Zastosowanie medyczne szczepionki BCG zapoczątkowano 1921 roku i w 1977 znalazła się na liście leków podstawowych Światowej Organizacji Zdrowia. Szczepionkę podaje się rocznie (2004) około 100 milionom dzieci na całym świecieWorld Health Organization, Weekly epidemiological record, 2004.