Mimo to jednak w modelach bioinformatycznych oraz w części badań na zwierzętach taki wpływ protekcyjny oparty na mechanizmie odporności krzyżowej, został potwierdzony. Pierwsze wyniki randomizowanej próby klinicznej z Malawi nie potwierdziły protekcyjnego efektu BCG na przebieg COVID-19. Część naukowców wystosowała hipotezę, jakoby rozbieżności w wynikach danych eksperymentalnych i klinicznych wynikała ze stosowania różnych szczepów szczepionki BCG w różnych krajach.
Nowotwory BCG jest przydatna w leczeniu powierzchownych postaci raka pęcherza moczowego. Od końca lat 1980. pojawiały się dowody na to, że zakroplenie BCG do pęcherza jest skuteczną formą immunoterapii w tej chorobie. Podczas gdy mechanizm jest niejasny, wydaje się, że przeciwko guzowi zostaje uruchomiona lokalna reakcja immunologiczna. Immunoterapia przy użyciu BCG zapobiega nawrotom w ⅔ przypadków powierzchownych nowotworów pęcherza moczowego. BCG jest także do wykorzystania w immunoterapii raka okrężnicy oraz w leczeniu sarkoidów u koni.