W 1564 kościół parafialny w Oborzyskach został sprofanowany przez innowierców i opuszczony. Biskup poznański Adam Konarski z tego powodu na prośbę Łukasza Rydzyńskiego dziedzica w Kawczynie przyłączył wieś do parafii Bonikowo na tak długo, dopóki kościół w Oborzyskach nie wróci do pierwotnego stanu. W XVI wieku odnotowano murowany, jednonawowy gotycki kościół Wszystkich św. oraz św. Mikołaja, który prawdopodobnie pochodzi z pierwszej połowy XVI wieku. Był on później przebudowywany.
Do czasu rozbiorów leżała w Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Wskutek II rozbioru Polski w 1793, miejscowość przeszła pod władanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W XVII wieku właścicielem była rodzina Zbyszewskich, a w 1845 zapisano Gottloba Schulza. Różne źródła podają różne daty budowy kościoła: Słownik geograficzny Królestwa Polskiego podaje, że murowany kościół został zbudowany w 1672 roku na miejscu wcześniejszego, nowsze źródła wskazują I poł. XVI wieku (Maj, Dziewulska) albo XIV wiek (rejestr zabytków Narodowego Instytutu Dziedzictwa). Parafia należała do dekanatu kościańskiego.