Czarna Woda posiada prawa miejskie od 1 stycznia 1993 roku.. Uzyskała je za sprawą odłączenia się od gminy wiejskiej Kaliska (jako sołectwo należała do niej równe 20 lat, po reformie znoszącej gromady na rzecz gmin w 1973 r.) i utworzenia gminy miejskiej. Obecnie jest najmłodszym miastem Kociewia; niecałe dwa lata wcześniej (2 kwietnia 1991 r.) w ten sam sposób powstała gmina miejska Krynica Morska (dawniej sołectwo gminy wiejskiej Sztutowo).
30 grudnia 1994 r. z gminy Kaliska zostały wyłączone następne dwa sołectwa: Huta Kalna oraz Lubiki, które przeszły do miasta Czarna Woda, stając się częściami miasta..
1 stycznia 2014 Czarna Woda zmieniła rodzaj gminy z miejskiej na miejsko-wiejskiRozporządzenie Rady Ministrów z dnia 30 lipca 2013 r. w sprawie ustalenia granic niektórych gmin i miast, nadania niektórym miejscowościom statusu miasta oraz zmiany siedziby władz gminy (). W praktyce oznaczało to wyłączenie poza administrację miasta obszarów sołectw Huta Kalna i Lubiki. Z wyłączonych terenów powstał obszar wiejski gminy miejsko-wiejskiej Czarna Woda. 1 stycznia 2014 odebrany został też status miasta gminie miejskiej Czarna Woda z równoczesnym (tego samego dnia) nadaniem statusu miasta miejscowości Czarna Woda.