Po jego śmierci w 1501 r. starostwo stopnickie otrzymał Stanisław Ostroróg, syn Jana. Stopnica w tych latach była lokalnym ośrodkiem wymiany handlowej. Pomimo posiadania praw miejskich ludność zajmowała się głównie uprawą roli. W 1504 r. Stanisław Ostroróg uzyskał dla miasta zwolnienie od dostarczania podwód, następnie w 1508 zwolnienie na 8 lat z płacenia podatków, poza czopowym. Druga ulga spowodowana była pożarem miasta. Stanisław umiera w 1515 r., a jego obowiązki przejmuje brat Wacław Ostroróg., którego staraniem monarcha potwierdził wydane przywileje na targi i jarmarki. Po Ostrorogach starostwo stopnickie przejęli Zborowscy. Miasto otrzymało liczne przywileje od władców z dynastii Jagiellonów, których spis okazał w 1562 r. Marcin Zborowski przy lustracji miasta. Były wśród nich przywileje z lat 1410, 1439, 1442, 1444, 1445, 1487 i 1520. W czasach Zygmunta Augusta proboszczem był tu ks. Piotr Arcichowski herbu Grabie, który miał także godność kanonika krakowskiego, pełniąc również funkcje sekretarza króla i referendarza koronnego. Z miasta tego pochodził Jan ze Stobnicy (ok. 1470–1530) – profesor Akademii Krakowskiej, filozof, przyrodnik i geograf.