Chłopak, ignorując rady członków grupy i chcąc się wykazać, zostaje opętany przez Xanę, który wykorzystuje Williama do zniszczenia sektora piątego i przerwania procesu sprowadzania na Ziemię Franza Hoppera (zainicjowanego przez Aelitę na początku odcinka). Nie wszystko jest jednak stracone – na komputer Jeremy’ego przychodzi wiadomość od Franza Hoppera.
Czwarta seria Seria czwarta rozpoczyna się od odkrycia przez Jeremy’ego i Aelitę sposobu na odbudowę Lyoko oraz nowej strategii Xany, który za pośrednictwem Williama stara się wrzucić Aelitę do cyfrowego morza. W odcinku Dubler chłopak projektuje nowe wyposażenie dla członków grupy (w tym skrzydła dla Aelity) i tworzy klona Williama, by rozwiązać kwestię nieobecności opętanego przez Xanę chłopaka. W odcinku Skidbladnir zostaje stworzona łódź podwodna, umożliwiająca podróże po cyfrowym morzu. Dzięki statkowi odkryte zostają nowe gatunki potworów (piranie, rekiny, kalmary, kolos) oraz repliki-kopie poszczególnych sektorów Lyoko. Głównym zadaniem grupy staje się odkrywanie kolejnych replik i niszczenie odpowiedzialnych za ich istnienie superkomputerów (umożliwia to stworzony przez Jeremy’ego mechanizm teleportacji członków grupy).