Innymi, obok korzeni, podziemnymi organami roślin są też kłącza stanowiące podziemny fragment pędu.
Rozwój korzeni mały|Wierzchołek korzenia; 1 – merystem, 2 – statocyty ze skrobią statolityczną, 3 – czapeczka, 4 – martwe komórki, 5 – strefa wydłużania Zawiązek korzenia wykształca się w biegunie bazalnym zarodka w postaci odcinka zróżnicowanych tkanek korzeniowych, zwanego radykulą. Powstaje on jeszcze na etapie poprzedzającym dojrzewanie nasion. W czasie kiełkowania z radykuli rozwija się korzeń pierwotny rozgałęziający się w korzenie boczne.
Korzeń zarodkowy jest pierwszym tworzącym się podczas embriogenezy organem. Powstaje z niego korzeń główny. Wzrost korzenia jest efektem intensywnych podziałów komórkowych w obrębie merystemu wierzchołkowego. Podziałom ulegają komórki inicjalne merystemu (promerystem). Zwykle jest ich kilka. Komórki dzielące się w kierunku proksymalnym dają początek tkankom w strefie różnicowania. Te zaś, które dzielą się w kierunku dystalnym, wchodzą w skład czapeczki korzeniowej. Struktura ta ulega złuszczeniu podczas wzrostu korzenia. Proces różnicowania i kształtowania tkanek jest prawdopodobnie kontrolowany przez grupę komórek znajdujących się pod komórkami inicjalnymi promerystemu. Jest to tak zwane centrum spoczynkowe, w którym komórki nie wykazują aktywności mitotycznej.