Rośliny są zdolne do kształtowania swojego systemu korzeniowego w zależności od rozkładu składników mineralnych w glebie. Stężenie azotanów, fosforanów, siarczanów i jonów żelaza jest sygnałem dla receptorów zlokalizowanych w komórkach korzeni. W efekcie odbioru sygnału ze środowiska modyfikowane są: wzrost korzenia pierwotnego, liczba korzeni bocznych oraz liczba włośników. Podczas wzrostu systemu korzeniowego korzenie boczne sukcesywnie obumierają. Proces ten nazywa się oczyszczaniem się korzeni. W kształtowaniu architektury systemu korzeniowego uczestniczą hormony: auksyny, cytokininy i etylen. W badaniach na Arabidopsis thaliana udowodniono, że wierzchołek wzrostu korzenia reaguje na stężenie jonów fosforanowych w roztworze glebowym. Sygnał odbierany jest przez komórki czapeczki korzeniowej. Niedobór fosforu prowadzi do zahamowania wzrostu korzenia głównego i wzrostu liczby korzeni bocznych.
Podczas wzrostu korzeni funkcje chłonne przejmowane są przez korzenie nowo powstające. Starzenie się roślin wiąże się z ustaniem rozwoju systemu korzeniowego i zmniejszaniem powierzchni chłonnej.