Dzięki temu można rozwiązać zagadkę czy wydostać się z labiryntu.
Pojedynki thumb|Figurka Viviego - jednej z głównych postaci Final Fantasy IX Za każdym razem, gdy bohaterowie gry napotykają na przeciwnika, mapa zmienia się na „ekran walki” (ang. battle screen). Na ekranie walki przeciwnik pojawia się po przeciwnej stronie głównych bohaterów, a każdy pojedynek rozgrywany jest w systemie Active Time Battle (ATB) stworzonym przez Hiroyuki Itō i wprowadzonym po raz pierwszy w 1991 roku w grze Final Fantasy IV. Lista komend każdego bohatera ukazywana jest w małym oknie po przeciwnej stronie licznika ATB postaci. Wszyscy bohaterowie mogą zadawać obrażenia przeciwnikowi używając ataków fizycznych lub korzystać z ekwipunku gracza. Każda postać w grze posiada również specjalne umiejętności, na przykład złodziej Zidane może wykradać przeciwnikom przedmioty, Eiko i Garnet przywoływać specjalne duchy nazywane w grze „eidolons”, pomagające w walce, a Vivi używać czarnej magii do atakowania oponentów.