Według znaku na kościele stan wody był wyższy niż w roku 1934.
Wody na terenie Waksmundu są zmineralizowane, średniotwarde. Wody podziemne należą do Ia i Ib klasy wód. Studnie na terenie wsi mają stosunkowo dużą wydajność jednostkową, jest to średnio 10–30m³/h. Wody Dunajca, jeśli chodzi o czystość, należą do pozaklasowych. O niskiej jakości wód Dunajca na odcinku Waksmundu decydują wysokie wskaźniki zawiesiny ogólnej, poziom pH oraz duża ilość bakterii E. coli. Wody te przyjmuje oczyszczalnia wód w Łopusznej. W 1999 roku na rzece Dunajec w Waksmundzie wybudowano w miejsce uszkodzonego powodzią, nowy most łączący północną część wsi z częścią południową. Korzystając ze środków Unii Europejskiej, postawiono w bezpośrednim sąsiedztwie mostu elektrownię wodną o mocy 300 kW.
Flora Zaobserwowano strefowość komponentów środowiska, której konsekwencją jest duża różnorodność gatunkowa szaty roślinnej. Nad wsią, na stokach Gorców dominuje las, który częściowo został zasadzony po II wojnie światowej. W piętrze podgórskim jest on mieszany, iglasto-liściasty, wyżej iglasty, głównie świerkowy. Świerk tworzy tutaj drzewostany zwarte, stąd poszycie i runo są ubogie. Wśród lasów występują polany łąkowe, bogate gatunkowo, choć ich skład został zmieniony przez działalność człowieka.