Leczenie częściowej głuchoty 12 lipca 2002 przeprowadził pierwszą na świecie operację wszczepienia implantu ślimakowego u osoby dorosłej z częściową głuchotą, w której implant stanowił elektryczne dopełnienie zachowanego słuchu w zakresie niskich częstotliwości. W 2004 jako pierwszy zastosował tę metodę u dziecka. Opracowane przez niego postępowanie chirurgiczne (tzw. metoda sześciu kroków, z dostępem przez okienko okrągłe) oraz klasyfikacja stopni częściowej głuchoty bywają w piśmiennictwie określane jego nazwiskiem.
Badania przesiewowe i telemedycyna Od połowy lat 90. Skarżyński był inicjatorem powszechnych badań przesiewowych słuchu u noworodków i niemowląt, a następnie u dzieci w wieku przedszkolnym i szkolnym; programy te rozszerzono później na kraje Europy, Azji, Afryki i Ameryki Południowej. Był współautorem telemedycznych programów badań słuchu, mowy i wzroku oraz systemu zdalnego ustawiania procesorów mowy implantów ślimakowych (tzw. telefitting), wdrożonego w ramach Krajowej Sieci Teleaudiologii.