Kolekcję obrazów, zabytkowe meble, porcelanę i fajanse (309 obiektów) wywiózł 27 października 1941 z Waplewa do Muzeum Miejskiego w Gdańsku ówczesny jego dyrektor Willi DrostDobromiła Rzyska-Laube: Zaginiona kolekcja. Nowe ustalenia na temat zawartości zbiorów Sierakowskich z Waplewa oraz ich wojennych i powojennych losów, Gdańskie Studia Muzealne 2015, nr 8, s. 122–165..
Pałac po wojnie był własnością PGR i Państwowego Ośrodka Hodowli Zarodowej. W miejsce PGR w 1994 powstał Ośrodek Hodowli Zarodowej Skarbu Państwa Waplewo., w 1996 przekształcony w Ośrodek Hodowli Zarodowej Waplewo Sp. z o.o.., a następnie zlikwidowany. Pałac w listopadzie 2006 przeszedł w posiadanie Muzeum Narodowego w Gdańsku, które utworzyło tam Muzeum Tradycji Szlacheckiej. Mieści się tam też Pomorski Ośrodek Kontaktów z Polonią.
W latach 1945–1975 miejscowość administracyjnie należała do województwa gdańskiego, a w latach 1975–1998 do województwa elbląskiego. W 1990 (po wydzieleniu z parafii w Starym Targu) powstała parafia św. Maksymiliana Marii Kolbe w Waplewie Wielkim, należąca do dekanatu Dzierzgoń i diecezji elbląskiej.