Capirossi po kontuzji powrócił do wyścigów, wygrywając ze znaczną przewagą GP Czech na torze położonym w okolicach Brna. Prowadził cały wyścig i na mecie wyprzedził o prawie 5 sekund Valentino Rossiego i ponad 8 sekund Daniego Pedrosę. W kolejnym wyścigu o Grand Prix Malezji przegrał jedynie o długość motocykla z Valentino Rossim, a wyczyn z Brna powtórzył w Grand Prix Japonii i podobnie jak w Brnie, nad Rossim uzyskał ponad 5 sekund przewagi, a nad Marco Melandrim ponad 8 sekund. Ostatni wyścig w sezonie 2006 ukończył na drugim miejscu, przed kolegą z zespołu, Troyem Baylisem (mistrz świata w klasie [Superbike] z roku 2001 i 2006), co dało Capirossiemu w rezultacie trzecie miejsce w klasyfikacji końcowej mistrzostw świata.
Do Capirossi należy statystyczny rekord rozbieżności lat w stosunku do wygrywania wyścigów. Swój pierwszy wyścig wygrał podczas GP Wielkiej Brytanii w 1990 roku, a swój dotychczas ostatni podczas GP Japonii w roku 2007, co daje ponad 17 lat.
6 listopada 2011 roku zakończył karierę, występując w wyścigu o Grand Prix Walencji.