Faktyczne początki ikebany jako sztuki datuje się na okres Muromachi-Ashikaga (1336–1573). Choć były to lata burzliwych walk pomiędzy feudalnymi panami (daimyō), powstały wówczas liczne, nowe formy sztuki, które przetrwały do dziś i stały się ikonami japońskości. Jedną z nich jest ikebana, wywodząca się z układania kwiatów oferowanych Buddzie w świątyniach lub też duszom zmarłych. Ten rodzaj hołdu nazywa się kuge, kyōka.

W pradawnych czasach, przed przyjęciem buddyzmu, Japończycy wykorzystywali kwiaty oraz gałązki wiecznie zielonych drzew (np. sakaki, Cleyera japonica) do odwoływania się do bóstw natury (kami) i w czasie ceremonii oczyszczania, a wraz z wprowadzeniem buddyzmu w VI wieku powszechny stał się zwyczaj składania kwiatów na ołtarzu buddyjskim. Tak jest do dziś (np. w ceremoniach shintō na terenie chramów, czy też towarzyszących otwarciu nowej filii banku, firmy). Poczucie jedności Japończyków z naturą jest widoczne w najstarszych kronikach.