W 1786 roku wieś i okoliczne miejscowości, w odstępie tygodnia, nawiedziły dwie wielkie powodzie. W Wielkich Walichnowach zginęły dwie osoby. Ksiądz proboszcz Walerian Pernarewski opisał to całe zdarzenie w księgach parafii. Kolejna wielka powódź miała miejsce w 1855.
W okresie międzywojennym ulokowana była tu placówka Straży Celnej „Walichnowy”.
We wsi znajdowała się stacja końcowa wąskotorowej linii kolejowej Mareza-Wielkie Walichnowy istniejąca do 1978 roku.
Zabytki thumb|left|200px|Nagrobek na cmentarzu mennonickim Według rejestru zabytków NID na listę zabytków wpisany jest murowano-drewniany kościół parafialny pw. św. Jana Chrzciciela, poł. XIV, XVIII, nr rej.: A-809 z 17.11.1974.
W centrum wsi znajduje się pochodzący z przełomu XIV/XV w. kościół św. Jana Chrzciciela, wielokrotnie zalewany przez powodziowe wody Wisły. Posiada barokowy ołtarz główny i boczny, ambonę oraz rokokową chrzcielnicę. W XVI w. podczas powodzi starosta międzyłęski wykorzystał nieobecność ówczesnego katolickiego proboszcza parafii, który schronił się w Klonówce, osadzając na jego miejsce pastora. Doprowadziło to do przejęcia przez protestantów kościoła na 30 lat.