Efekt filtra wewnętrznego Przy pomiarach widm fluorescencyjnych spotkać można się też z efektem filtra wewnętrznego: wysokie stężenie fluorofora ograniczać może dostępność wiązki wzbudzającej dla molekuł w głębi roztworu, których fluorescencja staje się przez to słabsza. To odstępstwo od liniowości wynika ze zmiany gęstości optycznej ośrodka, a nie z jego właściwości molekularnych.
Aby uniknąć tego efektu, stężenie próbek ciekłych powinno być dostosowane do warunków pomiaru. Innym sposobem na przeprowadzenie pomiaru jest stosowanie mikrokuwet lub kuwet trójkątnych.
Zastosowania thumb|Aleksandryt oświetlony światłem nie zawierającym ultrafioletu (z lewej) i zawierającym ultrafiolet (z prawej) Zjawisko fluorescencji jest podstawą działania lamp fluorescencyjnych (czyli popularnych świetlówek). Stosowane jest również szeroko w rozmaitych metodach badawczych, np. w mikroskopii fluorescencyjnej, cytometrii przepływowej, spektroskopii korelacji fluorescencji, teledetekcji, a także w technikach zabezpieczeń banknotów.