Zrewanżowała się swojej rodaczce kilkanaście dni po zakończeniu French Open, pokonując ją wynikiem 6:4, 3:6, 6:3 w finale zawodów w ’s-Hertogenbosch.
W lipcu to Walonka awansowała do swojego pierwszego wielkoszlemowego finału i dokonała tego na kortach Wimbledonu. Clijsters w ćwierćfinale poległa w boju z Lindsay Davenport; Henin natomiast odprawiła Jennifer Capriati (aktualną mistrzynię z Melbourne i Paryża), Conchitę Martínez i Anke Huber. W finale nie sprostała broniącej tytułu Venus Williams, ulegając jej wynikiem 1:6, 6:3, 0:6. Tuż po meczu tenisistka dowiedziała się, że wczesnym rankiem zmarł jej dziadek. Rodzina, z którą już wówczas Henin była skłócona, zataiła przed nią tę informację do czasu zakończenia meczu finałowego.
We wrześniu 2001 Belgijka zagrała w finale w Waikoloa i pomimo prowadzenia 6:3, 2:0 w pojedynku z Sandrine Testud, skreczowała z powodu kontuzji uda. Miesiąc później została wicemistrzynią w Filderstadt i zakwalifikowała się do Mistrzostw WTA, gdzie po zwycięstwie nad Anke Huber musiała uznać wyższość Sereny Williams. Na zakończenie sezonu razem z koleżankami z reprezentacji zdobyła pierwszy w historii dla swojego kraju Puchar Federacji.