Tereny, na których powstała miejscowość były jednak zasiedlone znacznie wcześniej. W okolicy w wyniku archeologicznych badań wykopaliskowych przeprowadzonych w 1877 oraz powierzchniowych przeprowadzonych w latach 1969 i 1984 odnaleziono, pół kilometra na południowy wschód od wsi, częściowo zachowane wczesnośredniowieczne grodzisko wyżynne, zaliczone w literaturze do grodzisk stożkowatych, w którym odkryto skorupy ornamentowanych naczyń.

Pierwszy zachowany zapis o miejscowości pochodzi ze źródeł kościelnych. W zapisie z 31 stycznia 1298 biskup poznański Andrzej Zaremba podzielił dotychczasowy archidiakonat poznański na 3 archidiakonaty zaliczając m.in. kościół wilczyński do archidiakonatu mniejszego tj. pszczewskiego. Jest to pierwszy zachowany zapis historyczny o wsi.

W 1350 król polski Kazimierz III Wielki, na prośbę biskupa poznańskiego Wojciecha Pałuki, zwolnił od świadczeń kmieci oraz mieszkańców osadzonych obecnie lub w przyszłości, m.in. we wsi Wilczyna, dopóki biskup udzielać im będzie wolnizny czyli zwolnienia z opłat i podatków.