Pierwsze wzmianki pochodzą z przełomu XIV i XV wieku. Wówczas wieś należała do Zakonu Krzyżackiego. W 1540 r. w wyniku przerwania wałów na Wiśle w okolicach Kiezmarku wieś została całkowicie zalana, trzy lata później – po kolejnej powodzi – wieś została całkowicie wyludniona. Wzmianki o jej ponownym zasiedleniu pojawiają się dopiero w 1550 r. Wiślinka jako wieś wolna w 1601 r. otrzymała wilkierz. We wsi istniała także karczma, pełniąca rolę strażnicy wałowej.
Po reformie administracyjnej z 1887 r. gmina wiejska Wiślinka stała się częścią powiatu Danziger Niederung. Siedziba obwodu, urząd stanu cywilnego i kościół ewangelicki mieściły się w Bogatce, a kościół katolicki w Gdańsku.
W okresie międzywojennym w Wiślince działała agenda pocztowa, firma budująca jachty, łodzie motorowe i statki rzeczne, a także zajazd z przystankiem autobusowym i cegielnia. Przez Wisłę kursował prom z Wiślinki do Sobieszewa.
W latach 1945–1954 miejscowość była siedzibą gminy Wiślinka. W latach 1945–1998 miejscowość należała do województwa gdańskiego.
Istniejąca szkoła była poddawana rozbudowom w latach 1965-67 (budowa pawilonu szkolnego), 1987 i między 2005 a 2010Gmina Pruszcz Gdański przyjazna oświacieSP Wiślinka. Historia szkoły.