Po odzyskaniu niepodległości w 1918 roku Wiżajny stały się siedzibą władz gminnych. W 1925 roku otwarto szkołę podstawową w Wiżajnach. W 1935 miały miejsce ostre wystąpienia chłopskie spowodowane głodem i bezrobociem. W czasie II wojny światowej Wiżajny zostały zniszczone w 70 procentach. W 1963 wielki pożar zniszczył część zabytkowej zabudowyPiotr Skurzyński "Warmia, Mazury, Suwalszczyzna" Wyd. Sport i Turystyka - Muza S.A. Warszawa 2004 s. 422, w tym dworek starościński. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa suwalskiego, wcześniej – do województwa białostockiego. W Wiżajnach stacjonowała strażnica WOP.
Etymologia Nazwa miejscowości wywodzi się prawdopodobnie od litewskiego vežys, oznaczającego raka.
Zabytki
Do rejestru zabytków Narodowego Instytutu Dziedzictwa wpisane są następujące obiekty: układ urbanistyczny (część), 1570–1870 (nr rej.: 440 z 28.11.1985) kościół parafialny pw. św.