Po rozbiorach Polski miejscowość znalazła się w zaborze rosyjskim i leżała w Królestwie Polskim. W Słowniku geograficznym Królestwa Polskiego wymieniona jest jako wieś i folwark leżące w powiecie będzińskim w gminie i parafii Wojkowice. W 1827 w miejscowości znajdowało się 99 domów zamieszkiwanych przez 588 mieszkańców. W 1893 liczba domów spadła do 90, a mieszkańców do 852. Wieś liczyła 1529 mórg ziemi włościańskiej. Folwark liczył 434 morgi ziemi, stało w nim 7 domów zamieszkanych przez 27 mieszkańców. Osiedle proboszcza liczyło 8 morg, na których znajdowało się 5 domów zamieszkanych przez 3 mieszkańców. We wsi znajdowały się również zabudowania młyna złożone z 2 budynków zamieszkanych przez 15 mieszkańców i położonych na 47 morgach ziemi. Miejscowość posiadała murowany kościół parafialny, szkołę początkową, przytułek dla 2. ubogich, młyn, a także urząd gminy.
W okresie międzywojennym Wojkowice Kościelne należały do gminy Wojkowice Kościelne.