granica z zaborem rosyjskim biegła wzdłuż Wisły, nad którą położona jest Wola Batorska. Po upadku powstania listopadowego w 1831 r. w Woli Batorskiej szukali schronienia uciekinierzy zza drugiej strony Wisły. W czasie drugiej wojny światowej działały na terenie wsi organizacje partyzanckie – oddziały Armii Krajowej i Batalionów Chłopskich. Ich członkowie brali m.in. udział w próbie zamachu na pociąg wiozący niemieckiego Generalnego Gubernatora Hansa Franka, który próbowano wysadzić w Staniątkach pod Niepołomicami.
Na początku lat 30. XX wieku w Woli Batorskiej istniał zbór Świadków Jehowy, któremu przewodniczył Franciszek Puchała.
Kościół pod wezwaniem Matki Boskiej Nieustającej Pomocy W początkowym okresie istnienia Wola Batorska należała do parafii w Igołomi, położonej po przeciwnej stronie Wisły. W 1350 r. na życzenie króla Kazimierza Wielkiego biskup krakowski Jan Bodzanta utworzył nową parafię w Niepołomicach, do której włączył również Wolę Batorską (wówczas Czystebrzegi) oraz sąsiednią wieś Mszczęcin. Dopiero w 1925 r. poczęto czynić starania o utworzenie w Woli Batorskiej odrębnej parafii. Powstał Komitet Budowy Kościoła, ale wobec braku jednomyślności wśród mieszkańców wsi, sprawa ta odwlokła się aż do 1935 r. Wówczas dopiero w budynku gminy urządzono tymczasową kaplicę.