W 1972 r. wieś została odznaczona Krzyżem Grunwaldu III klasy.
W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa krośnieńskiego.
W latach 2009–2010 w ramach Małopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego na lata 2007–2013 (dofinansowanego ze środków Unii Europejskiej) kosztem blisko 3,6 mln zł odnowione i uporządkowane zostało ścisłe centrum wsi Wójtowa, w którym skupia się życie społeczno–gospodarcze miejscowości.
Urodził się tu Józef Wanat (1894–1940) – podpułkownik łączności Wojska Polskiego, kawaler Orderu Virtuti Militari, ofiara zbrodni katyńskiej.
W Wójtowej urodziła się Eleonora Goleń, odznaczona pośmiertnie wraz z mężem Stanisławem Goleniem Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski za ratowanie Żydów w czasie II wojny światowej. Jej imię i nazwisko wymienione jest na pomniku w Wójtowej, poświęconym ofiarom terroru okupanta niemieckiego.