Z tym stanowiskiem nie zgodził się szef Polskiej Misji Wojskowej Badania Niemieckich Zbrodni Wojennych ppłk Marian Muszkat, dowodząc, że należy kontynuować przygotowania do wystąpienia z wnioskiem do UNWCC, oskarżając Szackiego nie o kolaborację, ale przede wszystkim o „zabójstwa partyzantów AL, grabieże chłopów, współdziałanie z SS w prześladowaniu ludności cywilnej i jeńców”.

W styczniu 1947 roku ppłk Muszkat złożył wniosek o zarejestrowanie Szackiego na liście UNWCC. W marcu UNWCC wpisało byłego dowódcę Brygady Świętokrzyskiej na listę zbrodniarzy wojennych pod numerem 4196. Jednak z uwagi na fakt, że był obywatelem Polski, nie udało się uzyskać wpisania go na listę CROWCASS. Mimo nieprzychylnej postawy Amerykanów, we wrześniu 1947 władzom polskim udało się uzyskać nakaz ekstradycji Szackiego, jednak nigdy do niej nie doszło, zapewne z powodu bliskiej współpracy środowiska Brygady z kontrwywiadem armii amerykańskiej. W lutym 1949 Antoni Szacki opuścił amerykańską strefę okupacyjną Niemiec i zamieszkał we Francji, gdzie zajął się prowadzeniem gospodarstwa rolnego. Po uzyskaniu potwierdzenia tej informacji, polskie MSZ w kwietniu 1949 wystosowało do ambasady francuskiej w Warszawie notę, w której zażądało aresztowania i wydania Polsce Szackiego.