9 marca 1635 król Władysław IV Waza zezwolił na cztery jarmarki rocznie, a 20 listopada 1738 król August III Sas zezwolił na 12 jarmarków rocznie. 21 lutego 1805 r. cesarz Franciszek II ograniczył liczbę jarmarków do czterech. W statucie miasta zapisano możliwość odbywania targu w każdy poniedziałek.W bezpośrednim sąsiedztwie miasta funkcjonowały dwa folwarki: Chrobacze na granicy Łętowni oraz w Malejowej. Po I rozbiorze Polski Jordanów znalazł się początkowo w granicach austriackiego cyrkułu wielickiego, od 1782 w granicach cyrkułu z siedzibą w Myślenicach, a od 1819 w granicach cyrkułu wadowickiego.
W XIX w. miasto nieco podupadło i miało charakter raczej rolniczy. Liczba mieszkańców ledwie przekraczała tysiąc osób. Wśród nich byli Żydzi, z których część należała do miejscowej gminy wyznaniowej żydowskiej. Eugeniusz Janota w wydanym w 1860 „Przewodniku w wycieczkach na Babią Górę, do Tatr i Pienin” relacjonując podróż z Krakowa w Tatry wspominał: Jordanów, uboga mieścina już w porzeczu Skawy. Kościół drewniany fund[owany]. 1576. Był tu dawniéj także kościół szpitalny z osobnym księdzem fund. 1648, zniesiony 1775, i dom misyjny jezuicki fund. około roku 1726, zniesiony 1773.