Po wojskowym zamachu stanu z 17 grudnia 1926 wybrano Stulginskisa na szefa Seimasu i był nim aż do rozwiązania nieprzychylnego Smetonie parlamentu. Później osiadł w majątku niedaleko Kretyngi i pisywał do czasopisma „XX amżius” („Wiek dwudziesty”). Brał udział w pierwszym Światowym Kongresie Litwinów w 1938 w Kownie, gdzie wygłosił dramatyczną mowę w obronie demokracji i praw obywatelskich – przeciwko reżimowi Smetony. Pierwsze lata sowieckiej okupacji spędził w majątku Jokubavas. Nie ominęła go jednak radziecka lista proskrypcyjna i w czerwcu 1941 r. został aresztowany i deportowany do łagru pod Krasnojarskiem (żonę zesłano do republiki Komi).

W 1952 r. już oficjalnie skazany na 25 lat łagrów, za „antysocjalistyczną i klerykalną działalność” w międzywojniu. Po śmierci Stalina zwolniony, nie zdecydował się na emigrację i powrócił w 1956 roku do kraju. Zamieszkał wraz z żoną w Kownie, gdzie zmarł 22 września 1969. Pochowano go na cmentarzu Poniemuńskim w Kownie.