Organizacja protektoratu 9 stycznia 1920 roku zostało podpisane porozumienie o przekazaniu Kłajpedy aliantom. Sześć dni później do rejonu wkroczył 21. Samodzielny Batalion Strzelców Pieszych z gen. Dominique Joseph Odrym na czele, który miał za zadanie pilnować porządku w mieście i na przyległym obszarze. Generał Odry sprawował nie tylko zwierzchnictwo nad francuskim wojskiem, ale stanął również na czele Wysokiego Komisariatu Ligi Narodów w Kłajpedzie. Dopiero po jakimś czasie miejsce Komisarza zajął , oskarżany przez Niemców i Litwinów o prowadzenie polityki zbyt propolskiej.
Wolne Państwo Kłajpedy czy włączenie do Litwy? Komisarze francuscy jako pierwsi zaczęli przekształcać administrowany teren w formę wolnego państwa, chcąc doprowadzić do trwałego osadzenia w porcie kapitału francuskiego. Jednocześnie symbolicznie usiłowano zerwać kontakty mieszkańców z dawną ojczyzną – wiosną 1920 ustanowiono z Niemcami granicę celną, zakazano też śpiewania niemieckich pieśni narodowych i wywieszania niemieckich flag. Mieszkańców nie pozbawiano jednak obywatelstwa niemieckiego.