Zbyszyce istniały już w XIII w. Parafia i kościół (pod wezwaniem św. Wojciecha) powstały w połowie XIII w. (1242), a pierwszy o niej zapis pochodzi z 1326. Do zbyszyckiej parafii należały też Jelna, Kobyle i Lipie. left|thumb|Dwór z przełomu XVIII i XIX w. Wieś rozwijała się jako ogniwo szlaku handlowego z Krakowa na Węgry. Podobno w 1416 roku lokowano tutaj miasto na prawie magdeburskim. Nie jest to jednak pewne, gdyż zapis mógł dotyczyć miejscowości Byszyce koło Wieliczki.
W XVI w. działali tutaj polscy bracia polscy. Do 1813 było to miasteczko z rynkiem, ze zwartą zabudową z 200 domami, liczyło 2,5 tys. mieszkańców. Posiadało browar, gorzelnię, karczmę z zajazdem i posterunek żandarmerii. Odbywały się tu jarmarki wyznaczone na dzień św. Idziego.
Po katastrofalnej powodzi z lipca 1813, kiedy woda zabrała 30 domów, Zbyszyce nie podniosły się z upadku, i choć z prawami miejskimi, de facto były wsią. W latach 90. XIX w. liczyły 52 domy i 366 mieszkańców. Po raz ostatni w dokumentach jako miasto wspomniane jest w 1919.