Zubrzyca (Zubricza – bez dodatkowego określenia położenia) została wymieniona po raz pierwszy w 1567 r. Niewykluczone jednak, że powstała nieco później, gdyż nie figuruje w oryginalnym spisie podatkowym z tego roku, lecz na osobnej, doklejonej karcie, sporządzonej prawdopodobnie ok. 1580 r. Rejestr podatkowy z 1604 r. podaje, iż są tu cztery domy, lecz nie wiadomo, czy dotyczy to Zubrzycy Górnej, czy Zubrzycy Dolnej.
O Zubrzycy Dolnej Pierwszym sołtysem Zubrzycy Dolnej był Wojciech Szyszka, który miał pod sobą 5 osiedleńców. Wieś w 1609 r. nie płaciła jeszcze podatku. Dopiero w 1619 r. władający Zamkiem Orawskim Elżbieta Czobor i jej syn Emeryk Thurzo na prośbę sołtysa Wojciecha Szyszki udzielili mu i pozostałym mieszkańcom wsi Niznia Zubrycza ulg w podatkach i daninach. W 1622 r. wymienia się nazwę wsi jako „Inferior Zubrica”, a dwa lata później: „Dolnia Zubrice”, w której oprócz osadnika (sołtysa) mieszkało 10 zagrodników. W 1659 r. mieszkało tu już 524 ludzi. W 1683 r. po wojnach kuruckich liczba mieszkańców dramatycznie spadła a wieś była tak zrujnowana przez kwaterujące tu wojska oraz zniszczona nadmiernymi ciężarami, że wszystkie obrabiane kawałki gruntu stanowiły ledwo połowę posiadłości. Dla zapłacenia danin mieszkańcy zaciągali długi w Polsce. Dopiero XVIII w. sytuacja we wsi się poprawiła.