Podczas odwrotu wojska arcyksiążęce złupiły wiele wsi i jeszcze do końca grudnia 1587 roku operowały wzdłuż granicy oraz w okolicach Wielunia.
Po koronacji Zygmunta III Wazy Jan Zamoyski postanowił rozprawić się z wojskami arcyksiążęcymi i zmusić przebywającego na Górnym Śląsku Maksymiliana III Habsburga do zrzeczenia się praw do korony polskiej. Hetman przygotował plan wojenny i na początku 1588 roku sprowokował arcyksięcia do decydującej potyczki zbrojnej.
Do starcia dwóch wodzów doszło 24 stycznia 1588 roku pod Byczyną. Bitwa zakończyła się klęską Habsburga. Maksymilian znalazł się w niewoli Jana Zamoyskiego. Hetman obszedł się z jeńcem łagodnie. Najpierw zaprosił go do swojej kwatery, a później zabrał do Zamościa, gdzie Maksymilian został ojcem chrzestnym córki Zamoyskiego i Gryzeldy Batorówny. Później arcyksiążę zaczął jednak sprawiać kłopoty. Gdy wykryto próbę jego ucieczki Zamoyski zdecydował się uwięzić arcyksięcia i umieścił go na zamku w Krasnymstawie. Na mocy układu bytomsko-będzińskiego podpisanego 10 marca 1589 roku Maksymilian Habsburg odzyskał wolność i w lipcu tego samego roku opuścił Rzeczpospolitą.
Pomimo obietnic stawianych w warunkach uwolnienia nie zrzekł się tytułu króla polskiego i używał go do 1598 roku.