W 1991 roku Freeman otrzymał propozycję głównej roli w filmie Park Jurajski. Niepewny decyzji, odwiedził American Museum of Natural History, aby obejrzeć szkielety oraz figury dinozaurów. W 2007 roku, w jednym z wywiadów, Morgan przyznał, że był zdumiony, kiedy dowiedział się, iż ptaki mają swoich przodków wśród dinozaurów. Jednocześnie dodał, że kiedy odrzucił ofertę występu w tym filmie, kolejne wakacje spędził na czytaniu książek ornitologicznych. Wydarzenia te miały również wpływ na to, że Freeman z chęcią przyjął rolę narratora w Marszu pingwinów.
W 2004 aktor został zaproszony do roli w filmie Za wszelką cenę w reżyserii Clinta Eastwooda. Zagrał on tam Eddiego Scrap-Iron Duprisa, jednego z bohaterów oraz narratora filmu. Za tę rolę otrzymał Oscara i ogrom nominacji.
Morgan Freeman wcielił się w rolę Boga w filmie Bruce Wszechmogący, a także w jego kontynuacji Evan Wszechmogący. Zagrał także Luciusa Foxa w obrazie Batman: Początek oraz jego sequelu Mroczny rycerz. W 2007 roku wystąpił u boku Jacka Nicholsona w Choć goni nas czas. Rok później Freeman powrócił na Broadway, aby zagrać w sztuce The Country Girl, w reżyserii Mike’a Nicholsa.