Liczne przywileje cesarskie gwarantujące daleko idącą swobodę osobistą (zwolnienie ze służby wojskowej, wolność wyznania i in.), prowadzenia działalności gospodarczej (bezpłatny przydział gruntów, zwolnienie z podatków, pomoc finansowa itp.), a także przygraniczne położenie na brzegu spławnej rzeki i na połączeniu szlaków handlowych, zapewniły Podgórzu szybki rozwój (w 1787 r. miało już 108 domów), które zaczęło stanowić konkurencję handlową dla Krakowa.
W 1784 r. cesarz Józef II nadał Podgórzu prawa wolnego miasta królewskiego, a w 1785 r. herb: „W roku 1785 powstało z części tej wsi [Ludwinów] i kilku domów nad Wisłą zwanych Podgórzem miasto Podgórze. Cesarz Józef II nadał miastu wolność handlu i nazwał je Josefstadtem, ale to nazwisko ustąpiło dawniejszemu”.
III rozbiór Polski (1795) osłabił czynniki decydujące o uprzywilejowanej pozycji Podgórza. Jego rozwój nie następował już w takim tempie jak w pierwszej fazie.
W początkach XIX w. miasto przekształciło się w ośrodek o wyraźnym charakterze handlowo-przemysłowym. W 1809 r. w wyniku traktatu pokojowego z Schönbrunnu miasta: Kraków, Podgórze i Wieliczka wraz z otaczającymi je terenami włączone zostały do Księstwa Warszawskiego.