Podobnie zresztą jak w kolejnym klubie, szwajcarskim FC Zürich, gdzie musiał zadowolić się rolą trzeciego bramkarza, po Ike'u Shorunmu i Marku Pascolo. W barwach FC Zürich w 1999 roku zakończył piłkarską karierę.
Kariera reprezentacyjna left|thumb|300px|Lothar Matthäus strzela gola Michajłowowi z rzutu karnego, Mundial 1994. Obaj zawodnicy spotkali się jeszcze szesnaście lat później, kiedy Michajłow, jako prezes BFS, powołał Matthäusa na stanowisko selekcjonera Bułgarii. W reprezentacji Bułgarii zadebiutował w 1983 roku. Początkowo rywalizował o miejsce w składzie z Iliją Wyłowem, ale na mundialu 1986 selekcjoner Iwan Wucow wybrał 24-letniego bramkarza Lewskiego. Przez kolejne lata także grał w pierwszej jedenastce, mimo iż Bułgarzy przegrywali eliminacje. Stracił miejsce w kadrze tylko raz, na przełomie 1988 i 1989 roku, kiedy selekcjonerem po raz drugi został Wucow. Tym razem trener, skonfliktowany z Michajłowem, postawił na Wyłowa, ale po czterech porażkach z rzędu (0:1 z Grecją, 1:2 z Brazylią, 0:2 ze Szwajcarią i 0:2 ze Szwecją) pod naciskiem prasy i kibiców przywrócił pierwszego bramkarza.