Waldner grał w Stockholms Spårvägars GoIF w latach 1978–1984, 1987–1991 i 2012–2016, gdzie też zakończył karierę. W sezonie 2015/2016 klub ten występował pod nazwą Ängby/Spårvägen Elit. W latach 1991–1995 Waldner występował w Ängby SK, a w latach 1995–2003 w Kalmar BTK. Z klubem tym zdobywał mistrzostwo w 1996, 1999, 2000 i 2002. Następnie trafił do niemieckiej Bundesligi, będąc zawodnikiem SV Plüderhausen (2003–2005) oraz TTC RhonSprudel Fulda-Maberzell (2005–2012). Wraz z tym zespołem zwyciężył w Pucharze ETTU (Europejskiego Związku Tenisa Stołowego) w sezonie 2004/2005.

Sukcesy Podsumowanie Jest jednym z ledwie pięciu tenisistów stołowych, którzy wygrali tzw. Wielkiego Szlema, tj. zdobyli w grze pojedynczej mistrzostwo świata, puchar świata i mistrzostwo olimpijskie. Jest liderem pod względem liczby zwycięstw w turnieju Europa Top 12 (16).

Wystąpił w 15 edycjach mistrzostw świata, przy czym ostatni raz w 2006. W rozgrywanych w 1997 w Manchesterze Mistrzostwach Świata zdobył złoty medal nie przegrywając w całym turnieju choćby seta. Uczestniczył także w pięciu igrzyskach olimpijskich.