W ekipie The Reds Hamann był podstawowym zawodnikiem. Zadebiutował tam 7 sierpnia w meczu z Sheffield Wednesday. Pierwsze trafienie zaliczył zaś 5 lutego 2000 roku w potyczce z Leeds Uinted. Swój debiutancki sezon zakończył z 28 występami oraz jedną bramką. W kwietniu 2001 roku Liverpool pokonał w półfinale Pucharu kraju Wycombe Wanderers i awansował do finału tych rozgrywek, w który miał się zmierzyć z Arsenalem Londyn. The Reds wygrało to spotkanie 2:1 a Niemiec zagrał do 60. minuty, po czym został zmieniony przez Gary’ego McAllistera. W sezonie tym Liverpool dotarł także do finału Pucharu UEFA, w którym wygrał z Deportivo Alavés 5:4 po dogrywce. Hamann zagrał w całym spotkaniu. Ponadto wraz ze swoim klubem zdobył jeszcze Puchar Ligi, Tarczę Wspólnoty oraz Superpuchar Europy. Przez następne trzy sezony dalej był podstawowym piłkarzem swojej drużyny i wystąpił w kolejno 31, 30 oraz 35 meczach Premier League, w których zdobył łącznie pięć bramek. W tym czasie wraz z klubem zdobył Puchar Ligi w roku 2003. W sezonie 2004/2005 Liverpool pokonał w półfinale Ligi Mistrzów Chelsea F.C. i awansował do finału tych rozgrywek, w którym wygrał po serii rzutów karnych z AC Milanem. Hamann wykonywał jedenastkę jako pierwszy ze swojej drużyny i strzelił z niej gola.