W 1991 roku zaczęły się chude lata w ełckim klubie. Mazur grał w IV lidze oraz lidze okręgowej (czwarty i piąty poziom rozgrywek) i taki stan utrzymuje się do dziś. W 1999 została wydzielona z klubu sekcja bokserska i zaczęła funkcjonować jako odrębny podmiot pod nazwą Miejski Klub Bokserski Mazur Ełk (IV poziom). Warto dodać, iż w sezonie 2008/2009 Mazur strzelił najwięcej goli spośród wszystkich czwartoligowych drużyn w kraju. Sezon 2009/2010 Mazur ukończył na 12 miejscu, natomiast rok później klub zajął przedostatnią 15. pozycję w III lidze i spadł do IV ligi (piąty poziom). Kolejny sezon przyniósł kolejną klęskę. Zajmując przedostatnią, piętnastą, lokatę w IV lidze warmińsko-mazurskiej Mazur po raz pierwszy w historii spadł na szósty poziom rozgrywkowy, czyli do obecnej klasy okręgowej. Do dziś Mazur Ełk jest najbardziej znanym ełckim klubem piłkarskim.
W roku 2015 została podpisana fuzja łącząca kluby MKS Mazur Ełk z Płomieniem Ełk. Klub po połączeniu dwóch drużyn nazywał się MKS Ełk (Mazurski Klub Sportowy). Po protestach kibiców i środowiska sportowego przed sezonem 2018/2019 władze klubu zmieniły nazwę zespołu na Miejski Klub Sportowy MazurPortal internetowy Ełk dla WasRadio Olsztyn - Już nie MKS, a Mazur Ełk.