Historia Wieś należy do najstarszych osad w okolicy. W dokumentach pojawia się jako Preghina w 1225 roku. Wzmianka o niej pojawia się w 1228 roku w dokumencie określającym, że mieszkańcy Pregyni płacą klasztorowi Norbertanek w Imbramowicach dziesięcinę. Była ona własnością szlachecka należącą do klucza pieskoskalskiego. W XV w. pojawia się Przeginya będąca wsią królewską. Od XVI w. należała ona do dóbr w Pieskowej Skale. W 1529 roku w tutejszym kościele proboszczem był Marcin Biem z Olkusza – słynny astronom i współtwórca kalendarza gregoriańskiego. Stanisław Szafraniec, wojewoda, kasztelan, był rzecznikiem tolerancji religijnej i ograniczenia uprawnień Kościoła katolickiego. Brał czynny udział w życiu małopolskiego kościoła protestanckiego. W latach 1550–1555 ufundował w swoich dobrach zbory kalwińskie, m.in. w Przegini, zamieniając kościół na zbór. Nazwa wsi pochodzi od prasłowiańskiego rzeczownika pregybni oznaczającego teren górzysty. W istocie trudno o bardziej właściwą nazwę dla miejscowości, od której rozpoczyna się Wyżyna Krakowsko-Częstochowska. Inne pochodzenie nazwy wsi znamy z legendy o pierścieniu. Czeski kupiec Radoslav wraz ze swoją wybranką Michaelą wędrując do Krakowa musiał przedostać się przez zaśnieżoną drogę. Wóz kupca stanął pod naporem śniegu.