Był używany jako środek odurzający i enteogen przez rdzenną ludność Syberii.
Systematyka i nazewnictwo Pozycja w klasyfikacji według Index Fungorum: Amanita, Amanitaceae, Agaricales, Agaricomycetidae, Agaricomycetes, Agaricomycotina, Basidiomycota, Fungi.
Po raz pierwszy gatunek ten opisany został przez Karola Linneusza w 1753 r. jako Agaricus muscarius, w 1783 r. Jean-Baptiste de Lamarck przeniósł go do rodzaju Amanita nadając mu obecną nazwę. Przez różnych badaczy opisywany był jeszcze pod różnymi nazwami, tak że obecnie ma ponad 40 synonimów naukowych. Epitet gatunkowy muscaria pochodzi od łacińskiego słowa „musca” oznaczającego muchę.
Nazwę polską podał Józef Jundziłł w 1830 r. W polskim piśmiennictwie mykologicznym gatunek ten opisywany był też jako bedłka muchomor, bedłka, muchar czerwony, muchomor pospolity, muchomor zwyczajny.
Muchomor czerwony jest grzybem o kilku znanych odmianach lub podgatunkach. Różnią się przede wszystkim kolorem kapelusza, ale wszystkie mają podobną budowę i zauważalne plamy będące pozostałością osłony całkowitej. Niedawne badania filogenetyczne podniosły część z nich do rangi osobnego gatunku, jak na przykład muchomor królewski, Amanita chrysoblema lub Amanita persicina.