30 września 1938 roku został powołany do odbycia służby wojskowej, najpierw w Batalionie Szkolnym Podchorążych Sanitarnych Rezerwy, a następnie w Instytucie Chirurgii Urazowej. 1 sierpnia 1939 został odkomenderowany do 43 kompanii Junackich Hufców Pracy. Z junakami przeszedł gehennę kampanii wrześniowejpatrz wspomnienia, niewolę sowiecką, z której udało mu się uciec po 3 dniach. Zamieszkał w Brześciu. Próbował przedostać się do Siedlec, gdzie przebywała matka. 31 października 1939, podczas próby nielegalnego przekroczenia linii demarkacyjnej między obszarem okupacji sowieckiej i niemieckiej na Bugu pod Drohiczynem został aresztowany przez NKWD. Udało mu się jednak wydostać na wolność.

1 marca 1940 roku wyjechał z Brześcia i po 5 dniach dostał się nielegalnie do Lwowa. Początkowo był bez pracy, jednak od czerwca 1940 udało mu się zatrudnić u profesora Rudolfa Weigla w Instytucie Sanitarno-Bakteriologicznym, produkującym szczepionkę przeciw tyfusowi plamistemu. Po zajęciu Lwowa przez wojska niemieckie (29 czerwca 1941) i przekształceniu placówki prof. Weigla w Instytut Badań nad Durem Plamistym i Wirusami kontynuował dotychczasową pracę najpierw jako laborant, później – po potwierdzeniu posiadania dyplomu lekarskiego – jako pracownik naukowy.