W 1907 roku Schiele poznał Gustava Klimta. Mistrz wiedeńskiej secesji wspierał młodych twórców. Roztoczył nad nim swój patronat artystyczny – kupował rysunki Schielego, znajdował dla niego modele oraz przedstawiał go potencjalnym patronom. Wprowadzał młodego artystę w środowisko wiedeńskiej secesji, której wkrótce Egon stał się ważnym przedstawicielem.
W 1908 roku odbyła się pierwsza wystawa prac młodego artysty w Klosterneuburgu. Egon opuścił Akademię w 1909 roku, po trzech latach nauki. Przyczyną relegowania z uczelni była m.in. napisana przez Schielego broszura ze skargami, w której domagał się większej swobody obyczajowej i artystycznej. W tym samym roku Egon wraz z innymi niezadowolonymi studentami, założył Neukunstgruppe („grupa nowej sztuki”). Było to nieformalne zrzeszenie młodych twórców, którzy szukali nowych artystycznych form wyrazu. Także w 1909 roku Klimt zorganizował Schielemu wystawę kilku jego prac w wiedeńskim Kunstschau, gdzie były również wystawione obrazy Edvarda Muncha, Jana Tooropa i Vincenta van Gogha. Schiele współtworzył także Hagenbund.