Powstanie zostało krwawo stłumione przez armię osmańską. Doszło do licznych masakr ludności cywilnej, grabieży i spalenia setek wsi. Europejska prasa opisywała tureckie represje jako bestialskie, a dyplomacja europejska ograniczyła się jedynie do formalnych protestów i ostrzeżeń pod adresem sułtana. Gdy Turcy przerzucili znaczne siły do Macedonii w celu ostatecznego stłumienia wystąpień, Bułgaria ogłosiła mobilizację armii i skierowała ją na granicę z Turcją. Ostatecznie nie doszło jednak do otwartej wojny między obydwoma państwami.
W Macedonii najbardziej ucierpiał wilajet bitolski. Ponad 200 wsi w Macedonii zostało całkowicie spalonych, podczas pacyfikacji śmierć poniosło 5000 ludzi, a 70 tys. osób zostało pozbawionych dachu nad głową. 30 tys. osób wyemigrowało, w większości do Bułgarii. W Tracji Adrianopolskiej spalono 66 wsi, a 15 tys. Bułgarów trackich wyemigrowało do Bułgarii. Jeszcze długo po stłumieniu powstania władze osmańskie dokonywały w obu regionach aresztowań, skazywały miejscowych działaczy na zesłanie do Azji Mniejszej, dokonywały rekwizycji.
Bułgaria została 8 kwietnia 1904 r. zmuszona do podpisana układu z Turcją, zakazującego jej angażowania się w sprawy macedońskie.