W tym samym czasie dokonano gruntownej renowacji będącej w złym stanie technicznym katedry i wykończono dwie nowe kaplice w świątyni – Najświętszego Sakramentu i św. Zygmunta.
Katedra obecna W 1900 okazało się, że stan katedry jest fatalny i niebezpieczny dla wiernych. Przy rozbiórce niektórych elementów ujawniły się pęknięcia aż do fundamentów. Kapituła zdecydowała się wówczas na gruntowny remont katedry, oraz odtworzenie wyglądu świątyni renesansowej. Projekt przebudowy zlecono Stefanowi Szyllerowi.
Restauracja polegała najpierw na odbudowaniu od zewnątrz dolnych partii starych murów i na zbudowaniu bocznych ścian z nowych ciosów granitowych. Górne ściany odbudowano z nowej cegły, której w tym celu wypalono milion sztuk. Najdelikatniejszą sprawą było dobudowanie zniszczonych już w XV w. wież. Zębate grzebienie szczytów nieco uzupełniono, wyprostowano i zakotwiczono. Wzniesiono nową kopułę zwieńczoną kamienną latarnią. W celu upamiętnienia najważniejszych prac architektonicznych związanych z katedrą od chwili jej powstania Zygmunt Langman wykonał w piaskowcu cztery tablice herbowe najbardziej zasłużonych dla katedry biskupów. Umieszczono je w blendach arkadowych szczytu fasady.