Historia Początki CASE sięgają sierpnia 1991. Wówczas 10 ekonomistów zaangażowanych w proces transformacji ekonomicznej w Polsce (zob. niżej) podpisało akt założycielski nowego instytutu ekonomicznego, posiadającego status prawny fundacji. Fundacja stała się instytucją zaangażowaną w badanie i wspomaganie procesu transformacji w większości krajów post-komunistycznych w Europie Środkowej i Wschodniej oraz byłego ZSRR. W 1992 Leszek Balcerowicz został powołany na bezterminowego członka Rady Fundacji, przewodniczył później także Radzie Naukowej Fundacji. Od 1998 CASE rozpoczęło budowę sieci swoich organizacji-córek w innych krajach regionu. Od początku pierwszej dekady XXI w. rozpoczął się proces budowy instytucjonalnych aliansów z innymi instytucjami badawczymi i doradczymi w Europie i poza nią.
W grudniu 2000 rada fundacji zaakceptowała strategię przekształcenia CASE w międzynarodowy instytut badawczy koncentrujący się na problemach integracji europejskiej, transformacji oraz gospodarki globalnej. Ten strategiczny kierunek rozwoju został wzmocniony w latach 2005-2006 poprzez podjęcie problematyki rozwoju ekonomicznego (w odniesieniu do krajów rozwijających się) oraz rozszerzenie działalności CASE na nowe obszary geograficzne, m.in. na kraje Bliskiego Wschodu i Północnej Afryki.